W XIX wieku żubra na wolności można było spotkać tylko w Puszczy Białowieskiej i na Kaukazie.
Żubry przeżyły w Puszczy Białowieskiej dzięki temu, że władcy Polski postanowili uczynić z niej swoją własność, tzw. królewszczyznę. Dla ochrony i opieki nad zwierzyną sprowadzono do Puszczy 250 osadników z Mazowsza, których obowiązkiem było m.in. dokarmianie żubrów, ochrona przed kłusownikami oraz przygotowywanie wypraw myśliwskich króla.
Polowali tu prawie wszyscy polscy królowie. Ochronie (jako królewskie dobra) podlegał drzewostan i zwierzyna, w tym żubry.
W 1795 roku w Puszczy Białowieskiej żyło 700 żubrów. Gdy nastąpiły Rozbiory Polski, kontrolę nad Puszczą Białowieską przejęła Rosja. W 1803 car Aleksander I wydał dekret o ochronie żubra. Sprowadził do Puszczy 150 strażników i 34 specjalistów, którzy zajęli się hodowlą tego gatunku.
W 1857 roku w Puszczy Białowieskiej żyła rekordowa ilość 1898 żubrów.
Wkrótce białowieska populacja żubrów zaczęła szybko maleć. Przyczyn było kilka: brak wystarczającej ilości pokarmu, kłusownictwo, walki narodowo-wyzwoleńcze i wojny.
W czasie rozbiorów z Puszczy zrobiono „carski zwierzyniec”, doprowadzając do nadmiernego rozmnożenia się zwierząt kopytnych, m.in. jeleni i saren. Nastąpił wzrost konkurencji pokarmowej pomiędzy zwierzętami, co pogorszyło zdrowotność stad i obniżyło liczbę urodzeń.
W ciągu 5 lat zginęło prawie tysiąc osobników. W latach 1863-64 Powstanie Styczniowe na Podlasiu spowodowało spadek pogłowia żubrów do 875 osobników.
W 1830 na północno-zachodnich stokach Kaukazu odkryto podgatunek żubra kaukaskiego. Jego populacja w 1870 roku wynosiła około 2000 osobników.
Żubry kaukaskie żyły na stokach górskich ponad 2 tysiące metrów nad poziomem morza. Polowanie na nie w Rosji zarezerwowane było tylko dla możnowładców. Ostatni żyjący na wolności żubr kaukaski zginął w 1927. Po zabiciu ostatniego osobnika na wolności, radzieccy rewolucjoniści uznali go za symbol ucisku ludu przez burżuazję. Pozostał tylko jeden byk, Kaukasus, żyjący w niewoli do 1927 roku, dając z samicami żubra nizinnego początek linii nizinno-kaukaskiej.